El proceso por el que una secuencia transposon o inserción se inserta en un nuevo sitio en la misma u otra molécula de ADN. El exacto mecanismo no se entiende completamente y diferentes transposons pueden transponer por diferentes mecanismos. Transposición en bacterias no requiere extensa homología de ADN entre el transposón y el ADN Diana. Por lo tanto, el fenómeno se describe como recombinación ilegítima.