Una molécula de ADN bicatenario o híbridos ADN-ARN, donde cada filamento es de un origen diferente y por consiguiente que contiene uno o más mismatched pares de bases (no complementarios). A DNA dúplex es preparado por la hibridación de las moléculas de ADN monocatenario derivada de dos fuentes diferentes. Donde los dos ADNs idénticos o establecerá secuencias muy similares, una molécula de doble cadena, mientras que donde los dos DNAs difieren en secuencia, monocatenario regiones seguirán siendo. Un heteroduplex se revelará como single-strand "arbustos" cuando la DNA se observa electrón microscópico. Un mapa de las regiones homólogas y no homólogas de las dos moléculas tal modo pueden construirse. Este proceso se conoce como asignación del heterodúplex.