Una secuencia de nucleótidos - compuesto normalmente de 4, 6 u 8 nucleótidos - que es reconocido por y al que se une una endonucleasa de restricción (enzima de restricción). Tipo II enzimas de restricción (ésos usados en experimentos de clonación del gene) es también la secuencia dentro de la cual la enzima específicamente corta (y sus correspondientes enzimas metilato) el ADN, es decir, por enzimas de tipo II, el sitio de reconocimiento y el sitio de destino son la misma secuencia. Tipo I enzimas se unen a su sitio de reconocimiento y luego hienden el ADN en una posición más o menos al azar fuera de ese sitio de reconocimiento.