Tratamiento de aguas residuales es uno de los procesos biotecnológicos más generalizados en las sociedades occidentales, a lidiar con las enormes cantidades de desechos humanos y animales que producen tales sociedades. Métodos de tratamiento de aguas residuales de varían ampliamente, pero todas tienen una base biológica para descomponer la materia orgánica en las aguas residuales y convertirlo en algo que puede ser con seguridad vertida en el medio (generalmente de ríos o mares).