Kord kindlaks nukleotiidide järjestuse DNA fragment. On kaks ühist meetodid selle saavutamiseks:

• ning Maxam ja Gilbert meetod (Keemiline lagunemine), mis kasutab erinevaid kemikaale murda arvesse DNA killud konkreetsed alused; või

• Sanger tehnikat (nn di-deoxy või ahela lõpetamise meetodi) kasutab DNA polümeraasi tuleb teha uus DNA ahelate, di-deoxy nukleotiidid (kett terminaatorid) lõpetada keti juhuslikult, sest see kasvab.

Mõlemal juhul DNA fragmendid eraldatakse vastavalt pikkus geelelektroforeesiga polüakrüülamiidgeeli, mis võimaldab lugeda otse geel jada.