Kromosoomi tavaliselt põhjustab tõsiselt kahjulik mõju organismi bruto struktuuri muutus. Tihtipeale sidumist crossing-over etapil meioosi tõrke tõttu. Peamised tüübid kromosoomi mutatsioon on translokatsioon, dubleerimist, kustutamise ja inversiooni.