A tüüp II restriktaasi mis seob (ja hiljem lõhustab) DNA saidid, mis sisaldavad nelja nukleotiidi paari jada, mis on üheselt tunnustatud ensüümi. Sest iga jada neli alused esineb sagedamini juhus kui kuus alustel jadale, nelja-base Freesid lõhustumisel sagedamini tegema kuue-base Freesid. Seega, neli-base Freesid luua väiksemateks tükkideks kui kuue-base Freesid.