Single-pulaan nukleotidin järjestyksessä jäljellä rajoitus katkelma tyyppi II rajoitus entsyymi, joka leikkaa kunkin tavoitteen erillisellä paikalla. Eri alueet ovat käytettävissä risteytyminen täydentäviä päättyy muita palasia yhdistelmä-DNA luomisen aikana. alias ulkonevat loppuun, ylitys, yhtenäinen loppuun.