Erityisiä nukleotidin järjestys, DNA, joka on tyyppiä II rajoitus endonuclease ja joka tekee kaksinkertaisen-pulaan leikkaus. Rajoitus sivustot yleensä käsittää neljä tai kuusi emäsparia, jotka yleensä ovat jo itsessään palindromi (vaihtoehtoisiin),

esim 5´GGCC3´

3´CCGG5´

nämä kaksi osiota voidaan leikata joko vastapäätä toisiaan, luoda tylsä päättyy tai porrastettu tavalla antaa tahmea päättyy, riippuen mukana entsyymi.