Une surface de verre auquel a été fixé un tableau de l'ADN des fragments, chacun avec un emplacement défini. Puce à ADN typique A contiendrait 10 000 spots discrets (contenant chacune un fragment d'ADN différent) dans une zone de quelques centimètres carrés. Lorsque les fragments d'une solution d'ADN fluorescent marqué est hybridé à la puce, à laquelle se produit l'hybridation des taches sont visibles en fluorescence. Si les taches sur la puce sont des gènes (étiquettes de séquences, exprimées q.v.), hybridation avec les ADNc provenant d'un tissu particulier montre quels gènes sont exprimés dans ce tissu. Si les taches sont courtes, synthétisés oligonucléotides (environ 25 bases) correspondant à la partie d'un gène contenant un polymorphismes de nucléotides simples (SNP)(q.v.), avec une place distincte pour chacun des 4 bases possibles à cet endroit, l'hybridation avec l'ADN génomique d'une plante ou animal permet que chaque être génotypées au plus grand nombre locus SNP comme sont représentés sur la puce. Le gros avantage de puces à ADN est la mesure à laquelle le processus de génotypage peut être automatisé, permettant ainsi à un nombre considérable de plantes ou d'animaux à être génotypés pour un grand nombre de loci.