Une séquence d'acides aminés qui a été conçue en protéines pour faciliter sa purification. Ils peuvent travailler dans un certain nombre de façons. L'étiquette pourrait être une autre protéine qui se lie à un autre matériau très étroitement et donc ce qui permet à la protéine d'être purifié par chromatographie d'affinité (q.v.). L'étiquette pourrait être une séquence d'acide aminés court, qui est reconnue par un anticorps. L'anticorps puis lie à la protéine alors qu'il n'aurait pas fait alors avant. Peptide court l'une d'elles, appelée pavillon, a été conçu afin qu'il est particulièrement facile à produire des anticorps contre lui. L'étiquette pourrait être de quelques acides aminés, qui sont ensuite utilisés comme une balise chimique sur la protéine. Par exemple, une chaîne d'acides aminés chargés positivement se liera très fortement à un filtre chargé négativement : cela pourrait servir de base à un système de séparation. Certains acides aminés lie métaux très fortement, en particulier dans les paires : cette propriété chimique peut être exploitée en utilisant un filtre avec des atomes métalliques liés chimiquement sur elle pour tirer une protéine d'un mélange de protéines.