Le processus par lequel une séquence de transposons ou insertion s'insère dans un nouveau site sur le même ou d'une autre molécule d'ADN. Exactement le mécanisme n'est pas entièrement comprise et transposons différents peuvent transposer par des mécanismes différents. Transposition chez les bactéries ne nécessite pas d'homologie de l'ADN étendue entre le transposon et l'ADN cible. , Le phénomène est donc décrit comme la recombinaison illégitime.