Une méthode pour séparer les molécules en exploitant leur capacité à se lier spécifiquement à d'autres molécules. Il existe plusieurs types de chromatographie d'affinité biologique. A molécule biologique peut être immobilisée et une molécule plus petite (ligand, q.v.,) auquel il doit lier peut être collée à elle, ou le plus petit ligand peut être immobilisé et la macromolécule collé à elle. A variante consiste à utiliser un anticorps que la molécule immobilisée et utilisez-le pour « capturer » son antigène : c'est souvent appelée chromatographie d'immuno-affinité. A variation est une chromatographie Pseudo-d'affinité, dans laquelle un composé qui est comme un ligand biologique est immobilisé sur un matériau solide, et d'enzymes ou autres protéines sont liés à elle. Autres techniques sont la chromatographie d'affinité métallique, où un ion métallique est immobilisé sur un support solide : metal ions lient étroitement et spécifiquement aux nombreuses biomolécules. Ion le métal est lié à un groupe chélateur ou chélatant, un groupe chimique qui se lie spécifiquement et extrêmement serré à ce métal.