En conjonction avec les obligations de phospho-diester dans le squelette de l'ADN duplex entre les paires de nucléotides correspondant sur les rives opposées. Ce processus de clivage se traduit par les deux brins de finitions au niveau du résidu même, c'est-à-dire, il n'y a pas d'extensions de nucléotides sur chaque brin. alias flush-fin coupe.