La comparaison des lieux de la carte des gènes entre espèces. Les résultats de ces comparaisons indiquent conservation substantielle des blocs de gènes et même de larges segments de chromosomes entre les espèces. Grands peuvent être utilisées de cette conservation de la position de la carte. Par exemple, dans le cas des mammifères, cela signifie que si un gène a été localisé dans un ou deux des espèces intensément mappé (les humains et les souris), puis l'emplacement probable de ce gène chez les autres mammifères peut être prédites avec confiance considérable. à l'inverse, si un marqueur anonyme mappé a un effet sur un caractère quantitatif (Ceci étant indicative du marqueur lié à un locus de caractères quantitatifs (QTL)), dire, bovins, puis la connaissance de la carte comparative entre le bétail et les humains peut identifier les gènes dans la région homologue du génome humain qui pourrait correspondre à des QTL. Ces gènes sont appelés gènes comparative candidat positionnel (q.v.).