Le processus de recombinaison qui insère une petite molécule d'ADN (habituellement par recombinaison homologue) dans un plus grand. Si les molécules sont circulaires, intégration implique seulement une simple crossing-over ; si linéaire, puis deux passages-over sont nécessaires. Un exemple bien connu est l'intégration du phage λ (lambda) de l'ADN dans la E. coli génome.