Une forme de VNTR (q.v.) dans laquelle les unités de répétition (q.v.) varient généralement de 10 à 100 bases. Ils sont généralement détectés par hybridation Southern (q.v.), à l'aide d'une sonde comprenant un clone de l'unité de répétition. L'ADN première empreintes digitales (q.v.) étaient des minisatellites détectés de cette façon. Minisatellites tendent à être situés aux extrémités des chromosomes et dans les régions avec une haute fréquence de recombinaison.