A módszer elválasztó molekulák képesek kifejezetten kötődik más molekulák kihasználásával. Többféle biológiai affinitás kromatográfiával. A biológiai molekulák is legyen egy kisebb molekula (a ligandum természetében, a világbajnokságot,), ahová érdemes kötni lehet ragasztani, vagy a kisebb ligand lehet rögzített és a makromolekula ragadt rá. Eltérő, hogy használni egy antitest immobilizált molekula, és használ ez-hoz "elfog" az antigén: ez immuno-affinitás kromatográfiával gyakran nevezik. A módosítás pszeudo affinitás kromatográfiával, amely egy vegyület, ami olyan, mint egy biológiai ligand rögzített szilárd anyagon és enzimek vagy más fehérjék vannak kötve. Egyéb technikák közé tartozik a fém affinitás kromatográfiával, ahol egy fém ion rögzített a szilárd támogatást: fém ionok szorosan kötődik, és kifejezetten a sok biomolekulák. Ion a fém kötve egy chelator vagy kelátképző együttese, a kémiai kifejezetten és rendkívül szorosan kötődik a fém.