A endonucleases hasítja a DNS után felismerve, egy meghatározott sorrendben, pl. Bam H1 osztály (5´GGATCC3´), Eco RI (5´GAATTC3´), és a Hin dIII (5´AAGCTT3´). Enzimek korlátozás endonukleázok három típusa van:

i. típus darabok nem kifejezetten a távolság nagyobb, mint 1000 bp annak elismerését a sorrendben, és tartalmazza azokat a korlátozásokat és a metiláció tevékenységeket.

II. típus: Darabok, vagy azok közelében egy rövid, és gyakran palindrom (világbajnokságot), elismerési sorrendje. A külön enzim methylates elismerés ürítve. , Lehet hogy a darabok, pontosan szemben egy másik két DNS-szálak, és generál tompa véget ér, vagy lépcsőzetes darabok létrehozni ragadós végek teszik. II-es típusú restrikciós enzim azok gyakran kihasználják a rekombináns DNS-technológia.

Type III: 24-26 bp után egy rövid, aszimmetrikus felismerés számsorozatból darabok. Van szükség az ATP, és tartalmazza azokat a korlátozásokat és a metiláció tevékenységeket.