A típus II korlátozás endonukleázok, hogy kötődik (és később hasítja) a DNS-webhelyeket, amelyek a négy nukleotid pár sorozata, amely egyértelműen elismeri, hogy az enzim. Tetszőleges számú négy bázisok egyre gyakrabban fordul elő, mint akármi sorozat hat bázisok véletlenül, mert négy-bázis vágó Ragaszkodjatok gyakrabban, mint a hat-bázis vágó. Így , vágó négy-bázis létrehozása kisebb töredékek, mint a hat-bázis vágók.