Egy módszert a szekvencia hosszú (> 1 kb) darab DNS klón. a kezdeti szekvencia reakció az első néhány száz klónozott DNS nukleotidok sorozatát tárja fel. Ezeket az adatokat, a primer tartalmazó körülbelül 20 nukleotidok és kiegészítő, hogy a sorozat vége felé a szekvenciális DNS szintetizálódik, és akkor használatos nukleotida a következő néhány száz klónozott DNS-ének. Ezt az eljárást meg kell ismételni, amíg a klónozott DNS teljes nukleotid-szekvenciájának határozza meg.