A típus II korlátozás endonukleázok, hogy kötődik (és később hasítja) a DNS-webhelyeket, amelyek hat nukleotid párokat sorozatát, egyedileg ismerni, hogy az enzim által. Mert hat bázisok sorozatot ritkábban fordul elő véletlenül, mint a négy bázis sorozatot, hat-bázis vágó Ragaszkodjatok ritkábban, mint négy-bázis vágók. Így , vágó hat-bázis létrehozása nagyobb töredékek, mint a négy bázis vágók.