Metode untuk memisahkan molekul dengan memanfaatkan kemampuan mereka untuk mengikat khusus untuk molekul-molekul lain. Ada beberapa jenis kromatografi afinitas biologis. A biologi molekul dapat bergerak dan molekul kecil (ligan, q.v,) yang merupakan untuk mengikat dapat terjebak untuk itu, atau ligan kecil dapat bergerak dan makromolekul terjebak untuk itu. Varian A adalah menggunakan antibodi sebagai molekul bergerak dan menggunakannya untuk "menangkap" antigen yang: ini sering disebut immuno-afinitas kromatografi. A variasi adalah pseudo afinitas kromatografi, di mana senyawa yang seperti ligan biologis bergerak pada bahan padat, dan enzim atau protein lain terikat untuk itu. Teknik lainnya termasuk logam afinitas kromatografi, dimana ion logam bergerak pada dukungan kuat: logam ion mengikat erat dan khusus bagi banyak biomolekul. Ion logam terikat untuk chelator atau chelating group, sebuah kelompok kimia yang mengikat secara khusus dan sangat erat logam itu.