Tipe II pembatasan endonuklease yang mengikat (dan kemudian bersatu) DNA pada situs yang berisi serangkaian enam pasang nukleotida yang unik diakui oleh enzim yang. Karena setiap urutan enam basis kurang sering terjadi secara kebetulan daripada setiap urutan empat basa, enam-base pemotong membelah kurang sering daripada empat-base pemotong. Demikian, enam-base pemotong membuat fragmen-fragmen yang lebih besar daripada empat-base pemotong.