Permukaan kaca kecil yang telah diperbaiki array DNA fragmen, masing-masing dengan lokasi yang ditetapkan. A khas DNA chip akan berisi titik-titik diskrit 10 000 (masing-masing berisi sebuah fragmen DNA yang berbeda) di daerah hanya beberapa sentimeter persegi. Ketika solusi fluorescently berlabel DNA fragmen hibridisasi untuk chip, bintik-bintik yang hibridisasi terjadi terlihat sebagai fluoresensi. Jika bintik-bintik pada chip gen (menyatakan tag urutan, q.v), hibridisasi dengan cDNA dari jaringan tertentu menunjukkan gen yang dinyatakan dalam jaringan itu. Jika tempat pendek, disintesis Oligonukleotida (kira-kira 25 basis) sesuai dengan bagian dari gen yang mengandung polimorfisme nukleotida tunggal (SNP)(q.v.), dengan tempat yang terpisah untuk masing-masing 4 mungkin basis di situs tersebut, hibridisasi dengan DNA genom dari individu tanaman atau hewan memungkinkan bahwa individu harus genotyped di sebanyak SNP lokus sebagai diwakili pada chip. Besar keuntungan dari DNA chip adalah sejauh mana proses genotipe dapat dilakukan secara otomatis, sehingga memungkinkan sejumlah besar tanaman atau binatang akan genotyped untuk sejumlah besar lokus.