Urutan asam amino yang telah direkayasa ke protein untuk membuat pemurnian yang lebih mudah. Ini dapat bekerja dalam beberapa cara. Tag bisa protein lain, yang mengikat untuk beberapa bahan lain yang sangat erat dan dengan demikian memungkinkan protein untuk disucikan oleh afinitas kromatografi (q.v). Tag dapat urutan asam amino yang pendek, yang diakui oleh antibodi. Antibodi kemudian akan mengikat protein sedangkan itu tidak akan dilakukan begitu sebelumnya. Peptida pendek salah, yang disebut bendera, telah dirancang sehingga sangat mudah untuk membuat antibodi terhadap hal itu. Tag bisa beberapa asam amino, yang kemudian digunakan sebagai tag kimia pada protein. Misalnya, string asam amino yang bermuatan positif akan mengikat sangat bermuatan negatif filter: ini dapat digunakan sebagai dasar dari sistem pemisahan. Beberapa asam amino mengikat logam sangat kuat, terutama di pasang: sifat kimia ini dapat dimanfaatkan dengan menggunakan filter dengan atom-atom logam kimiawi terhubung ke atasnya untuk menarik protein dari campuran protein.