Tipe II pembatasan endonuklease yang mengikat (dan kemudian bersatu) DNA pada situs yang berisi serangkaian empat pasang nukleotida yang unik diakui oleh enzim yang. Karena setiap urutan empat basa lebih sering terjadi secara kebetulan daripada berurutan dasar enam, empat-base pemotong membelah lebih sering daripada enam-base pemotong. Jadi, empat-base pemotong membuat fragmen yang lebih kecil daripada enam-base pemotong.