Limitando il movimento degli organismi (geneticamente modificati) organizzando le barriere per impedire loro di crescere di fuori del laboratorio. Contenimento biologico può assumere due forme: rendendo l'organismo in grado di sopravvivere nell'ambiente esterno, o rendere inospitale l'ambiente esterno all'organismo. Quest'ultimo è raramente adatto per i batteri, che, in linea di principio, potrebbero sopravvivere quasi ovunque. Approccio così per batteri e lieviti, il favorito è di mutare i geni nell'organismo, così che essi richiedono un rifornimento di un nutriente specifico che è di solito disponibile solo in laboratorio. Se vai fuori, quindi non può crescere. Rendendo l'ambiente ostile per l'organismo è in parte un controllo biologico, in parte una fisica. Così, alcune del primo riso geneticamente ceppi sono stati sviluppati in Inghilterra (che è troppo freddo per il riso a crescere) e provati nel campo in Arizona (dove è troppo secca). Contenimento biologico può coinvolgere anche l'uso di molecole di vettore e organismi ospite che sono stati disabilitati geneticamente tali che possono sopravvivere solo in particolari condizioni fornite dallo sperimentatore e che non sono disponibili di fuori del laboratorio.