Un enzima che digerisce il DNA o RNA, cominciando alle estremità dei fili. Richiede un'estremità libera per degradare una molecola di DNA o RNA. 5´ esonucleasi richiedono una fine 5´ libero e degradare la molecola nella 5´ a 3´ direzione. 3´ esonucleasi richiedono una fine 3´ libero e degradare la molecola nella direzione opposta.