Il processo di ricombinazione che inserisce una piccola molecola di DNA (solitamente tramite la ricombinazione omologa) in uno più grande. Se le molecole sono circolari, integrazione comporta solo un singolo Crossing-over; se lineare, due incroci-over sono richiesti. Un esempio ben noto è l'integrazione del fago λ (lambda) del DNA nella E. coli genoma.