Una sequenza di amminoacido che è stata progettata in una proteina per rendere più facile la sua purificazione. Queste possono lavorare in vari modi. L'etichetta potrebbe essere un'altra proteina, che viene associato a qualche altro materiale molto strettamente e quindi consentendo la proteina per essere purificato mediante cromatografia di affinità (vedi voce). L'etichetta potrebbe essere una sequenza di brevi dell'amminoacido, che è riconosciuta da un anticorpo. L'anticorpo allora sarebbe associato alla proteina considerando che non sarebbe quindi prima hanno fatto. Uno di questi brevi peptide, chiamato bandiera, è stato progettato affinché esso è particolarmente facile fare anticorpi contro di esso. L'etichetta potrebbe essere alcuni aminoacidi, che vengono quindi utilizzati come tag chimiche sulla proteina. Ad esempio, una stringa di positivamente caricati amminoacidi si legano molto fortemente a un filtro caricato negativamente: questo potrebbe essere utilizzato come base per un sistema di separazione. Alcuni amminoacidi legare metalli molto fortemente, specialmente in coppie: questa proprietà chimica può essere sfruttata utilizzando un filtro con atomi metallici legati chimicamente su di esso per tirare una proteina di una miscela di proteine.