Il processo per cui un trasposone o inserimento sequenza si inserisce in un nuovo sito stesso o in un altro molecola di DNA. L'esatto meccanismo completamente non è capita e trasposoni differenti possono recepire dai meccanismi differenti. Trasposizione nei batteri non richiede ampia omologia DNA tra il trasposone e il DNA bersaglio. Il fenomeno è quindi descritto come ricombinazione illegittima.