Negli esperimenti di ingegneria genetica, è spesso necessario trasformare con un plasmide per cui non non c'è nessun fenotipo selezionabile e quindi monitorare la presenza di tale plasmide all'interno della cellula ospite. La cotrasformazione è una tecnica nella quale le cellule ospiti vengono incubate con due tipi di plasmide, uno dei quali è selezionabile e l'altro no Le cellule che sono state trasformate con il primo plasmide vengono poi selezionate. Se la trasformazione è stata effettuata ad alta concentrazione di DNA, allora è probabile che queste cellule saranno trasformate anche con il secondo plasmide (non selezionabile). La tecnica è usata frequentemente in esperimenti con cellule di mammifero.