Trattamento delle acque reflue è uno dei processi biotecnologici più diffusi nelle società occidentali, per affrontare l'enorme quantità di rifiuti umani e animali che producono tali società. Metodi di trattamento delle acque reflue variano ampiamente, ma tutti hanno una base biologica per abbattere la materia organica nei liquami e convertirlo in qualcosa che può essere tranquillamente scaricata nell'ambiente (solitamente fiumi o mari).