Un polimorfismo (vedi voce) a un particolare sito di base in una sequenza di codificazione, per esempio, a base di 306 in un particolare gene, un individuo potrebbe essere eterozigote per A e g.: l'allele materno potrebbe avere una A in questo sito, mentre l'allele paterno ha una G in questo sito. Questo tipo di polimorfismo è esteso in tutto il genoma e ha il grande vantaggio di essere rilevabile senza bisogno di elettroforesi del gel, che apre la strada per l'automazione su larga scala di genotipizzazione.