סוג של סמן הדנ א, שנוצר על ידי העיכול של הדנ א עם שני אנזימי הגבלה ליצירת לחלקים דנ א, מצדו של רצפים ספציפיים של DNA (נקרא מתאמים) בקצוות של שברים אלה, הגברה של השברים באמצעות PCR (באמצעות ערכה של צבעי יסוד עם רצפי המתאים המתאמים, בתוספת שילובים אקראיים שונים של שלושה בסיסים נוספים בסוף), ויזואליזציה של שברי באמצעות אלקטרופורזה בג'ל. ה PCR יגביר כל קטע רצף של מי קורה להתחיל עם כל הרצפים. בסיס שלוש בערכת תחל. AFLPs יש יתרון חשוב שניתן סמנים רבים שנוצרו עם יחסית מעט מאמץ. הם אמצעי שימושי מאוד לכמת את מידת מגוון גנטי בתוך ובין אוכלוסיות. החסרון העיקרי שלהם הוא שהם אינם ספציפיים לוקוס מסוים, כי הם הם הבקיע כמו נוכחות או היעדרות של הלהקה, heterozygotes לא יכול להבחין בין homozygotes, קרי, הם עוברים בירושה באופן דומיננטי.