רצף ספציפי נוקלאוטיד ב- DNA מזוהה על ידי endonuclease הגבלה על סוג II ובתוך זה שגורם חתך כפול גדילי. אתרים הגבלה בדרך כלל מהווים זוגות בסיס ארבע או שש, כי בדרך כלל הם palindromic (q.v.),

למשל, 5´GGCC3´

3´CCGG5´

שני הגדילים יכולים לחתוך גם מול אחד את השני, כדי ליצור קצוות קהים, או באופן רציף, נותן דביק מסתיים, בהתאם האנזים מעורב.