משטח זכוכית קטנים אשר תוקנה מערך של ה-DNA שברים, ולכל אחד יש מיקום מוגדר. שבב ה-DNA טיפוסי A יכיל 10,000 נקודות דיסקרטית (המכילים כל אחד קטע דנ א שונים) באזור של כמה סנטימטרים מרובעים. כאשר פתרון ה-DNA fluorescently שכותרתה קטעים הוא hybridized שבב, כתמים שאליה הכלאה מתרחשת גלויים כמו זריחה. אם הכתמים על השבב גנים (לידי ביטוי רצף תגים, q.v.), הכלאה עם cDNA של רקמה מסוימת מציגה אילו גנים מבוטאים הרקמה הזאת. אם המקומות הם קצרים, מסונתז oligonucleotides (כ- 25 בסיסים) המתאים לחלק הזה של גן המכיל פולימורפיזמים של נוקלאוטיד יחיד (SNP)(q.v.), עם מקום נפרד עבור כל אחד 4 בסיסים אפשריים באתר הזה, הכלאה עם ה-DNA גנומי של צמח יחיד או בעלי חיים מאפשר כי הפרט להיות genotyped-כמה שיותר הסנ פ לוקוסים כמו מיוצגים על השבב. יתרון הגדול של שבבי ה-DNA הוא במידה שבה התהליך של genotyping יכול להיות אוטומטי, ובעקבותיו מספרים עצומים של צמחים או בעלי חיים כדי להיות genotyped עבור מספר עצום של לוקוסים.