הליכים לקביעת רצף נוקלאוטיד קטע DNA. יש שתי שיטות נפוצות לביצוע פעולה זו:

• Maxam, גילברט בטכניקה (כימי השפלה), העושה שימוש בכימיקלים שונים כדי לשבור את ה-DNA לתוך קטעים בבסיסים ספציפי; או

• טכניקה סנגר (המכונה di-deoxy או שיטת הפסקת שרשרת) משתמש ה-DNA פולימראז להפיכת רשתות ה-DNA חדש, עם די-deoxy נוקלאוטידים (שרשרת terminators) להפסיק את השרשרת באופן אקראי ככל שהוא גדל.

בשני המקרים, שברי DNA מופרדים לפי אורך בג'ל, הפעלת הרצף לקריאה ישירות ממנו הג'ל.