שיטת הפרדת מולקולות תוך ניצול יכולתם כדי לאגד במיוחד מולקולות אחרות. ישנם מספר סוגים של כרומטוגרפיית זיקה ביולוגית. מולקולה ביולוגית A יכול להיות קיבוע זה להיקשר מולקולה קטנה יותר (ליגנד, q.v.,) יכול להיות תקוע, או ליגנד קטנים יותר יכולים להיות מרותק למיטה, מקרומולקולה נאמן לו. A משתנה הוא השתמש נוגדן כמו המולקולה קיבוע ולהשתמש בו כדי "לתפוס" אנטיגן שלה: זו נקראת לעיתים חיסונית-כרומטוגרפיית זיקה. A וריאציה כרומטוגרפיית מדומה שבו הוא מתחם שבו הוא כמו ליגנד ביולוגי ותשמרו על חומר מוצק, אנזימים או חלבונים אחרים קשורים אליו. טכניקות אחרות כוללות כרומטוגרפיית מתכת, היכן יון מתכת ותשמרו על תמיכה מלאה: מתכת יונים לאגד בחוזקה, מולקולות במיוחד רבים. יון המתכת מאוגדת קבוצת chelator או chelating, קבוצה כימית המאגד במיוחד ואני מאוד בחוזקה את המתכת.