ערכה סיווג המציין אילו פלסמידים יכולים להתקיים בתוך תא בודד. פלסמידים להשתייך לקבוצות שונות תאימות כדי להתקיים בתוך באותו התא. פלסמידים השייכים לאותה קבוצה תאימות הן לא יציב כאשר הם ממוקמים באותו התא. פלסמיד A שיבוט וקטור צריך תמיד שייך קבוצת אי התאמה שונה מזו של פלסמידים אנדוגני של החיידק המארח.