שיטת הפרדת חומצת גרעין או מולקולות חלבון על פי גודלם מולקולרית. המולקולות להעביר דרך המטריקס ג'ל אינרטי תחת השפעתו של שדה חשמלי. במקרה של חלבון דף, דטרגנטים כגון נתרן dodecyl סולפט (מרחביות) מתווספים לעיתים קרובות על מנת להבטיח כי כל מולקולות יש מטען אחיד. מבנה משנית יכולה לגרום לעיתים קרובות ההעברה חריגה של מולקולות. ולכן מקובל denature דגימות חלבון מאת להרתיח אותם לפני דף. במקרה של חומצות גרעין, denaturing סוכני כגון formamide, אוריאה או מתיל mercuric הידרוקסיד משולבים לעתים קרובות הג'ל עצמו, אשר ניתן להפעיל גם בטמפרטורה גבוהה. דף משמש כדי להפריד את המוצרים של רצפי DNA תגובות, ג'לים המועסקים הם מאוד denaturing, מאז מולקולות שונות גודל על ידי נוקלאוטיד בודד חייב להיפתר.