-רצף נוקלאוטיד מורכב בדרך כלל של נוקלאוטידים 4, 6 או 8 - המזוהה על-ידי וכדי אשר נקשר הגבלת endonuclease (אנזים הגבלה). עבור סוג אנזימי הגבלה II (אלה המשמשות בניסויים שיבוט גנטי) זה גם רצף שבתוכו האנזים חותך במיוחד (וגם אנזימים המתאימים שלהם methylate) ה-DNA, קרי, עבור סוג II אנזימים, האתר זיהוי אתר היעד הם אותו רצף. מסוג I אנזימים לאגד את האתר זיהוי שלהם, ואז קליב ה-DNA במיקום קצת פחות או יותר אקראי מחוץ לאתר זיהוי.