Ⅱ 型制限酵素 (し、その後切断) DNA は酵素によって一意に認識されている 4 つのヌクレオチドのシーケンスが含まれるサイトでバインドします。任意の 4 つの塩基の並びは偶然 6 拠点の任意のシーケンスよりもより頻繁に起こる、ので 4 ベース カッター クリーブ 6 基礎カッターよりも頻繁に。従って 4 ベース カッター 6 基礎カッターより小さいフラグメントを作成します。