Ⅱ 型制限酵素 (し、その後切断) DNA は酵素によって一意に認識されている六つのヌクレオチドのシーケンスが含まれるサイトでバインドします。発生 6 拠点の任意のシーケンスするのでより少なく頻繁に 4 つの塩基の任意のシーケンスよりも偶然、6 基礎カッター切断頻度 4 ベース カッターを行うより少ない。従って 6 基礎カッター 4 ベースのカッターより大きいフラグメントを作成します。