ゲル内部のpHを変えることにより、DNAやタンパク質を分離する方法。分子が電界に移行するにつれ、彼らは彼らの移動性を遅く変性条件を、遭遇する。異なる分子が変性条件に対して異なる応答をし、従って変性剤（ゲルで異なる点での可動性が失われる）のさまざまな重症度で反応する。