長いシーケンスのメソッド (> 1 kb) DNA の断片のクローンを作成します。初期シーケンス反応はクローンとして作られた DNA の最初の数百のヌクレオチドのシーケンスを明らかにします。にこれらのデータに基づいて 20 ヌクレオチドについてを含むとシーケンスの DNA の終わり近くにシーケンスに補足プライマー合成され、クローンとして作られた DNA の次の数百のヌクレオチド シーケンスが使用されます。クローンとして作られた DNA の全塩基配列が決定されるまでこの手順が繰り返されます。