Metodą atskirti molekulės išnaudojant jų gebėjimas specifiškai jungtis prie kitų molekulių. Yra kelių rūšių biologinius afininę chromotografiją. A biologinės molekulės gali būti IMOBILIZUOTOS ir mažesnių molekulė (ligando, straipsnį šia tema,), kuriai jis yra skirtas gali užstrigti, arba mažesnių ligando gali būti nutraukta ir ta makromolekulė įstrigo į jį. A variantas yra naudoti antikūnų kaip IMOBILIZUOTOS molekulės ir naudoti jį "užfiksuoti" savo antigeno: tai dažnai vadinama imuno-afininę chromotografiją. A yra pseudo-afininę chromotografiją, kai junginių, kurie yra tarsi biologinės ligandas nenaudojamas žvejybai ant kietos medžiagos, ir fermentai ir kiti baltymai privalo jį. Kiti metodai apima metalo afininę chromotografiją, kuriame metalo jonų nenaudojamas žvejybai ant kieto pagrindo: metalo jonai jungiasi sandariai ir specialiai, kad daug šviesuliai. Metalo jonų susieta su chelator arba Chelatinius junginius sudarantys grupe, chemijos grupė, kuri konkrečiai ir labai tvirtai jungiasi prie metalo.