Junginys, kuris žudo organizmų dėl specifinių biologinių poveikių, o ne platesnė cheminių nuodų. Konkrečios tipai: bio-insekticidai ir bio-fungicidai. Biologinių pesticidų skiriasi nuo biokontrolės medžiagų, kad bio-pesticidų yra pasyvus agentai, kadangi biokontrolės medžiagų yra aktyvios, ieško sunaikinti kenkėjų. Yra kai kurios labai patrauklus anti-pest medžiagoms, pavyzdžiui, Bacillus thuringiensis (Bt) toksinas, kuris specialiai trukdo maisto iš kai kurių vabzdžių žarnas absorbcijos bet yra nekenksmingas žinduoliai. Loginis kurti bio-pesticidų, kad jie yra labiau linkę būti biologiškai ir yra nukreiptos į konkrečius elementus į kenkėjų metabolizmo.