Klasės fermentų, kurie skyla DNR ar RNR molekules iš skėlimas phospho diesterio ryšius, susieti gretimus nukleotidai. Deoxyribonuclease (DNase), substratas yra DNR. – Endonukleazės, ji cleaves vidaus vietose substrato molekulės. Exonuclease palaipsniui cleaves nuo substrato molekulės. (RNRazės) kuriskoduojaribonukleazę, substratas yra RNR. – S1 nuclease, substratas yra vieno-daugiagyslis DNR arba RNR. Nucleases turi įvairaus laipsnio bazė-seka individualumo, labiausiai konkrečių yra apribojimas endonukleazės.